ITSx, Blast
平时我们做一个调查项目，每一份标本都会提取一个its或者lsu的序列， 首先我们需要将所有的序列合并到同一个文件中，然后进行ITSx的分区，最后根据unite的数据库进行blast。
合并序列
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list=$(cat list.txt)
for i in $list;do echo ">${i}" >> ./sequences.fasta; grep -v ">" ${i} >> ./sequences.fasta; done
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ITSx
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conda install ITSx
ITSX -i test.fasta -o test --save_regions ITS1,5.8S,ITS2 --partial 10
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这样我们就分别得到了ITS1,5.8S,ITS2以及ITS全长！可以帮我掐掉5’端的18s，3’端的28s只留下ITS的序列。
Blast
这里主要介绍了大批量的序列合并和unite数据库对比的一个流程，基本上都可以直接复制粘贴了用。
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makeblastdb -in UNITE.fasta -dbtype nucl -out unite
blastdbcmd -db unite -dbtype nucl -info
blastn -db unite -query sequences.fasta -perc_identity 97 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 20 > zhejiang.csv
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然后就可以安安心心地去excel里边进行序列的挑选了。
