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Rename Sequences by TBtools

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小黑Black_007

发布于：2022年11月5日

这一篇就是针对有时候我们需要从文献之中获取Accesion Number来构建系统树，首先我们把pdf转成excel然后提取序列，并做好命名工作。

TBtools批量下载，应该很简单。在如图所示的位置下载就行。

image-20221104010829598

然后是修改名字，这里一般是用两步，第一步删掉除了序列号以外的其他信息，可以用这行命令来执行：

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sed -i 's/\.1.*//g' ef1.fasta

image-20221104010938306

删之前长这样，删后如下：

image-20221104010959222

然后使用 ID rename 功能进行更名

image-20221104011803790

然后就可以进行常规的mafft，gblocks啦

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7
for i in *rename2.fasta;do
	linsi --thread 20 ${i} > ${i}.mafft;
done

for i in *.mafft;do
	Gblocks $i -b4=2 -b5=a -t=d;
done

博客内容遵循 署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际 (CC BY-NC-SA 4.0) 协议

本文永久链接是：http://jungleblack007@gamil.com/2022/11/05/Rename-Sequences-by-TBtools/

更新于：2022年11月5日

生物信息学

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