重点：Mixing越高，ESS越高， Bayesian贝叶斯推理是统计推理的分支，允许使用先验知识在评估新数据存在下的模型参数的可能性。贝叶斯推论已被称为“主观”推断，因为它允许在先验分布的选择中允许某种主体性。先验分布可以强烈影响后验（结果）。我们将贝叶斯推论视为数据探索性分析的有用工具，并以严格比较不同的假设。然而，使用前沿的使用必然会涉及研究人员的更大责任，以确保他们没有通过他们的...

@Dr. Matt Kasson

    继上一次浅层基因组数据分析笔记 - Mushroom Monkey (jungleblack007.github.io)之后，我们发现Orthofinder很多情况下能找到的单拷贝直系同源基因非常少，而且文章里面也没有使用这种方法。     这次，我要构建蘑菇目的系统发育树！ 下载蛋白序列    这个没啥好说的，JGI Genome Portal - Home (doe.gov)可以...

金黄蚁巢伞Termitomyces aurantiacus (R. Heim) R. Heim 球根蚁巢伞 Termitomyces bulborhizus T.Z. Wei, Y.J. Yao, Bo Wang & Pegler 盾尖鸡枞菌 Termitomyces clypeatus R. Heim 真根蚁巢伞Termitomyces eurrhizus (Berk.) R...

长在种子上的炭角菌Xylaria On Seed 种子中大多含有挥发性质的次生代谢物，使得它们可以避免被捕食，当然裂齿类或者昆虫偶尔还是以此为食；真菌和种子结合，可以提高发芽率和成活率，但是还没有病原真菌、腐生真菌和种子共生的研究。

some photos from Booyong Reserve. The first flush of mushrooms

记录一些常用代码和解决问题的网站！ [toc] 1. 格式转换在genbank上下载的gb格式的文件如何转换成fasta？参考BioPerl指南 – 序列格式的转换 – 柳城 (liucheng.name) 而关于Bioperl的暗转则参考Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC问题极简解决_wyh0908的博客-CSDN博客，其中： 123cpan>inst...

​ 昨天听陈直介绍，植物园里有一种被介壳虫吸引过来的真菌，我本没有太在意，以为是个多孔菌之类的。昨天下午他又跟我讲，杨老师已经去拍了，我这才意识到可能没那么简单。 ​ 在3H附近实验楼对面的竹林下，生长着一堆一堆黄色的胶质状真菌，和胶角菌有些相似，分支末端尖似针状，黑色；大多集中在竹子的基部，部分着生在竹竿上。菌体上有很多小虫子，应该是介壳虫路过，不像以之为食。 ​ 查了下...

介绍一种从基因组中提取片段的方法，很简单！

​ 肉齿菌属Sarcodon在国内目前报道了8个物种，属内的物种常被叫做“虎掌菌”。