这一篇就是针对有时候我们需要从文献之中获取Accesion Number来构建系统树，首先我们把pdf转成excel然后提取序列，并做好命名工作。 TBtools批量下载，应该很简单。在如图所示的位置下载就行。 然后是修改名字，这里一般是用两步，第一步删掉除了序列号以外的其他信息，可以用这行命令来执行： 1sed -i 's/\.1.*//g' ef1.fasta ...

ITSx, Blast 平时我们做一个调查项目，每一份标本都会提取一个its或者lsu的序列， 首先我们需要将所有的序列合并到同一个文件中，然后进行ITSx的分区，最后根据unite的数据库进行blast。 合并序列1234# 行云流水list=$(cat list.txt)#合并序列for i in $list;do echo ">${i}"...

r8s计算分化时间1. 下载与安装我不知道为什么网络上的下载路径都被禁用了，所以我找了一个网上下载的地方r8s download | SourceForge.net直接点这个链接也是可以的，https://sourceforge.net/projects/r8s/files/r8s1.81.tar.gz/download，这个版本是r8s 1.81，不是张金龙的1.71版，不过应该差不多，或...

目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast，beast2，r8s，paml的mcmctree，还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。目前呢，我是尝试使用了beast2，非常的慢，我84个物种接近50万AA (amino acids) 每100万代运算时间差不多27h，但是一般设置是1亿代也就是需要100多天，年都过完了。暂且不提，所以开始尝试MCM...

对于单拷贝直系同源基因的比对结果，常规操作是用Gblocks进行处理，但是Gblocks会删的比较彻底，以至于好多基因的文件夹都是空的，所以这次尝试了用TrimAI来进行删除。 1234# trimal提取保守序列 for i in *.mafft;do trimal -in $i -out $i.trimal -automated1;done 然后就又遇到一个新的问题，那就是trim...

小黑的碎碎念： 最近接到的二代测序基因组数据基本上都是100个一起的，工作量比较大，也很难找到对应的处理包或者源代码，所以自己写的比较多，做一期codes合辑总结一下。 目前呢，自己掌握比较熟练的是R和Python，但是这俩常年不用，而且对文本的处理非常之麻烦，所以在做基因组分析的时候还是尝试了不太熟悉的Perl和Shell，算是感受了一把掌握多种编程语言的快乐吧~ 这几行的目的是从bu...

NGS 分析流程首先，拿到的数据。 0. 去PCR重复（可选）Fastunique 1. 数据质控（可选）12fastqc -o fastqc -t 20 Ge1416_FDSW202317667-1r_R1.fq.gzfastqc -o fastqc -t 20 Ge1416_FDSW202317667-1r_R2.fq.gz 输出的文件： 2. 数据清洗1fastp -i Ge1416...

Win子系统多线程Bayes构建1. win子系统的安装ubuntu（1）启动开发人员模式Windows系统设置 -> 更新和安全 -> 开发者选项 -> 开发人员模式 （2）打开window 子系统 linuxWindows系统设置 -> 应用 -> 程序和功能 -> 启动或关闭windows功能 -> 适用于Linux的Windows子系统 ...

    继上一次浅层基因组数据分析笔记 - Mushroom Monkey (jungleblack007.github.io)之后，我们发现Orthofinder很多情况下能找到的单拷贝直系同源基因非常少，而且文章里面也没有使用这种方法。     这次，我要构建蘑菇目的系统发育树！ 下载蛋白序列    这个没啥好说的，JGI Genome Portal - Home (doe.gov)可以...

Miniconda3环境安装 -> 质控 -> 组装 -> 预测 -> 提取单拷贝直系同源基因 -> 建树